1、消費者素質低下，有些損耗難以降到最低
超市損耗中的一大部分由于易腐易變質商品被毀損后，又變成孤兒商品，因此難以被發現，而成為超市的損耗；另一部分是易碎商品因消費者自身原因導致破損或破碎形成的損耗。這些損耗的降低主要應從消費者入手，對消費者進行某種程度的約束，但要在不侵犯消費者的正常權利的原則下，進行約束和管理，通過嘗試一些新的規則框架下對顧客進行管理。
2、損耗管理中的員工素質問題
    超市損耗管理中應劃區派專人負責孤兒商品的入群管理，比如，有裝袋的雞蛋或鮮魚在剛被變成孤兒商品時，損耗管理員就馬上將其整理如群，放入群體中，并將損壞的除去。而目前有專人防損員的超市很少，這是損耗沒有得到很大改觀的一大原因。其次，有些超市盡管實行了專人負責管理的制度，但這些專人員工的素質問題就成為困擾管理者的問題。超市劃區派專人負責管理孤兒商品，尤其是易腐易變質的商品，這些員工就成了損耗管理中的成本，而這些員工的責任心和素質太低，并沒有對這些損耗進行及時地妥善處理，因此，這部分損耗依然居高不下。
3、對損耗的認識錯位，損耗管理沒有針對性
    對于損耗管理，一般超市主要是對于偷盜（內盜盒外盜）的管理，而對于其他種類的損耗重視不夠，或者根本沒有引起重視，這種錯位的片面的認識導致超市沒有分門別類的采取具有針對性的措施和策略，而對于偷盜的管理策略和對于其他種類損耗來說，肯定是毫無用處的。因此，損耗管理成效不明顯。
4、損耗管理中的技術性問題
    一般超市付款都是統一付款，消費者選擇好所有商品，一次性在出口付款；或者有些大超市分兩層，一層一個付款的地方，消費者在每一層購物后付款；也有一些超市式將洗浴用品有專門的付款臺，其他也是在出口處統一付款。但還很少有超市將易腐易變質易破損商品，挑選好以后就付款。這些商品具有特殊的性能，由于消費者一般在大超市采取集中購物，會很多種商品，這些特殊商品，需要特殊的保管。這些管理中的技術性問題急需解決。