特許經營是美國零售業連鎖經營上發展起來的一項獨特的營銷方式，商事代理也是一種營銷方式，這就決定了二者的相似之處，但區別也是明顯的：

(1)法律后果的歸屬不同。在特許經營法律關系中，特許者、被特許者是二個獨立的民事主體、經營主體，被特許者在其營業過程中產生的任何法律后果由其自己承受，與特許者無關，從特許經營的實踐來看，雙方會在特許經營合同中明確約定，被特許者不是特許者的代理人;而在商事代理關系中，商事代理產生的法律后果是由委托商號承受的，與代理商無關。

(2)法律關系客體不同。在特許經營法律關系中，其客體就是特許權，是一種組合式的知識產權。特許權內容為：一是為特許者所擁有的知識產權，被特許者基于特許因此而有使用權;二是特許者對被特許者在特許營業中提供初始服務，持續服務的義務。而商事代理關系中，其客體為代理商的代理行為，它不涉及買賣關系和知識產權的許可使用問題。

(3)支付報酬的方向不同。李維華老師介紹說，在特許經營中，被特許者取得了特許者的特許權，故應向特許者支付相應的費用;而在商事代理中，代理商向委托商號提供了代理服務，因此而由委托商號向代理商支付一定的傭金作為報酬。